Hier als Einstieg mal ein paar einfach Befehle:
cp(copy) Datei oder Verzeichnis nach Ziel (cp /etc/passwd .)der Punkt ist das aktuelle Verzeichnis.
pwd = print working directory, gibt die das Verzeichis aus in dem du dich gerade befindest z.B /home/user/
mv(move = Verschieben oder Umbennen von Dateien oder Verzeichnissen z.B. "mv /home/user/dokument.pdf /home/user/wichtige_docs/" oder "mv datei1.pdf datei2.pdf" (umbenennen)
rm(remove) = löschen von Dateien !!Vorsicht bei der Kommandozeile ist Löschen wirklich Löschen, kein Mülleimer, die Datei oder Verzeichnis unwiederbringlich weg!! Wichtig!!, die option "-r" löscht Verzeichnisse oder "rmdir" löscht leere Verzeichnisse.
Hilfe zu den Befehlen gibts unter den Manpages -> z.b "man cp" eingeben.
Natürlich gibt es noch mehr Befehle unter Linux, aber für den Anfang reicht das glaube ich.
Wer mehr wissen will sucht einfach in der Suchmaschine seiner Wahl nach "Befehle Linux"